هر تئوری که هدف آن رد کردن مدل تکامل خنثی باشد را تئوری خنثی گویند. بر اساس این تئوری اکثر جهش های سطح ژنوم خنثی هستند و اثرات مضری بر روی شایستگی ژنتیکی افراد دارند. چنانچه یک جهش جدید باعث افزایش شایستگی افراد حامل آن نسبت به سایر افراد جامعه گردد، انتخاب باعث میشود افرادی که دارای شایستگی بیشتری هستند در تشکیل نسل بعد مشارکت بیشتری داشته باشند. بدین ترتیب فراوانی واریانت جهش یافته بسته به سهم آن در افزایش شایستگی به سرعت شروع به افزایش خواهد کرد. به عبارتی، هنگامی که انتخاب مثبت به سمت افزایش فراوانی آلل مطلوب پیش میرود، جایگاههای نزدیک به این جایگاه اگر هم اثرشان خنثی باشد به علت پیوسته بودن با آلل مطلوب فراوانیشان زیاد شده که در نتیجه این پدیده، الگوی تنوع ژنتیکی و عدم تعادل لینکاژی در جایگاههای اطراف این جهش انتخابی تغییر خواهد کرد. در ژنتیک جمعیت به این نواحی، نواحی تحت انتخاب (Signatures of Selection) یا جاروی انتخاب (Selective Sweep ) گفته میشود.
تاکنون چندین روش برای شناسایی نشانه های انتخاب با استفاده از داده های مقایسه ژنومی گزارش گردیده است. این روشها که بر اساس LD عمل میکنند شامل آزمون هاپلوتیپ با طول بلند (LRH)، هموزیگوسیتی هاپلوتیپ گسترش یافته (EHH)، انتگرالگیری هموزیگوسیتی هاپلوتیپ (iHS)، افت LD (LLD) و آماره FST (بررسی سطح تمایز زیرجمعیتی) میباشند. این روشها در انسان و برخی حیوانات اهلی جهت یافتن چندین ناحیه مفید تحت انتخاب مانند ژنهای مقاومت به مالاریا، ژنهای مرتبط با تولید شیر و ژنهای مرتبط با رنگ پوشش بدن موفق عمل نمودهاند. استفاده از این روشها برای شناسایی نشانههای انتخاب میتواند ما را در تشخیص صفات تحت انتخاب، ژنهای موثر بر صفات کمی و کیفی و یا جمعیتی که QTL در آن در حال تفرق است، یاری دهند. به طور کلی، مناطقی از ژنوم که تحت انتخاب هستند بایستی اهمیت شایستگی و عملکردی داشته باشند، در غیر اینصورت انتخاب مثبت آنها را تحت تاثیر قرار نمیدهد.
