آموزش تصویری طراحی پرایمر بوسیله Primer3

در این پست نحوه طراحی پرایمر مورد نیاز برای واکنش زنجیره ای پلیمراز به وسیله نرم افزار Primer3 در قالب فایل تصویری خدمتتان ارائه می شود. برای دریافت و یا مشاهده فایل تصویری روی لینک زیر کلیک کنید:

کروموزوم Y

منشاء کروموزوم های جنسی

طبق نظریات مختلف، در طول 240 تا 320 میلیون سال تکامل پستانداران، دو کروموزوم جنسی از یک جفت اتوزوم تکامل پیدا کرده است. در طول این تکامل بیشتر ژنهای اجدادی از بین رفته اند که بدلیل کمبود نوترکیبی میوزی میان این دو کروموزوم در حال تکامل بوده است. ژنهای کنترل کنندۀ اسپرماتوژنز از دیگر کروموزوم های اتوزوم به Y  انتقال پیدا کرده اند. چنین ژنهایی در اکثر موارد بعد از انتقال تکثیر شده اند و کپی های مختلفی از آنها تشکیل خانواده ژنی داده اند. به نظر می رسد که در ابتدا وجود یک فاکتور تعیین جنسیت روی این کروموزوم باعث ادامۀ تغییرات شده است. ادامه مطلب را ببینید 

نواحی ژنومی تحت انتخاب یا نشانه های انتخاب (Signatures of Selection)

هر تئوری که هدف آن رد کردن مدل تکامل خنثی باشد را تئوری خنثی گویند. بر اساس این تئوری اکثر جهش­ های سطح ژنوم خنثی هستند و اثرات مضری بر روی شایستگی ژنتیکی افراد دارند. چنانچه یک جهش جدید باعث افزایش شایستگی افراد حامل آن نسبت به سایر افراد جامعه گردد، انتخاب باعث می­شود افرادی که دارای شایستگی بیشتری هستند در تشکیل نسل بعد مشارکت بیشتری داشته باشند. بدین ترتیب فراوانی واریانت جهش یافته بسته به سهم آن در افزایش شایستگی به سرعت شروع به افزایش خواهد کرد. به عبارتی، هنگامی که انتخاب مثبت به سمت افزایش فراوانی آلل مطلوب پیش می­رود، جایگاه­های نزدیک به این جایگاه اگر هم اثرشان خنثی باشد به علت پیوسته بودن با آلل مطلوب فراوانی­شان زیاد شده که در نتیجه این پدیده، الگوی تنوع ژنتیکی و عدم تعادل لینکاژی در جایگاه­های اطراف این جهش انتخابی تغییر خواهد کرد. در ژنتیک جمعیت به این نواحی، نواحی تحت انتخاب (Signatures of Selection) یا جاروی انتخاب (Selective Sweep ) گفته می­شود.

تاکنون چندین روش برای شناسایی نشانه­ های انتخاب با استفاده از داده­ های مقایسه ژنومی گزارش گردیده است. این روشها که بر اساس LD عمل می­کنند شامل آزمون هاپلوتیپ با طول بلند (LRH)، هموزیگوسیتی هاپلوتیپ گسترش یافته (EHH)، انتگرال­گیری هموزیگوسیتی هاپلوتیپ (iHS)، افت LD (LLD) و آماره F_ST (بررسی سطح تمایز زیرجمعیتی) می­باشند. این روشها در انسان و برخی حیوانات اهلی جهت یافتن چندین ناحیه مفید تحت انتخاب مانند ژنهای مقاومت به مالاریا، ژنهای مرتبط با تولید شیر و ژنهای مرتبط با رنگ پوشش بدن موفق عمل نموده­اند. استفاده از این روشها برای شناسایی نشانه­های انتخاب می­تواند ما را در تشخیص صفات تحت انتخاب، ژنهای موثر بر صفات کمی و کیفی و یا جمعیتی که QTL در آن در حال تفرق است، یاری دهند. به طور کلی، مناطقی از ژنوم که تحت انتخاب هستند بایستی اهمیت شایستگی و عملکردی داشته باشند، در غیر اینصورت انتخاب مثبت آنها را تحت تاثیر قرار نمی­دهد.